Klosteret ledes af en bestyrelse, som benævnes direktionen. Den består af tre medlemmer; et medlem fra hver af familierne Bille Brahe Selby, Skeel og Iuel-Brockdorff. På den måde udgør de oprindelige tre stifterinders efterkommere den dag i dag klosterets ledelse.

​

Bestyrelsen har det overordnede ansvar for klosteret, herunder især tilsyn med økonomien, kulturværdierne samt tildelingen af boliger.

Klosterets direktion varetager sine opgaver og sit ansvar i henhold til klosterets fundats.

Se klosterets fundats her.

​

Den daglige ledelse af klosteret varetages af klosterforvalteren, som passer klosterkontoret, styrer klosterets økonomi og boligadministration, forestår vedligeholdelses- og restaurerings-projekter, planlægger rundvisninger og arrangementer på klosteret samt søger at skaffe de nødvendige fondsmidler til restaureringsopgaver på klosterets bygninger, inventar og kunstgenstande. 

​

Portneren løser typiske viceværtopgaver, forefaldende mindre håndværksopgaver og havepasning. Portneren er med ved alle klosterets arrangementer og desuden deltager portneren som guide på klosterets rundvisninger sammen med klosterforvalteren og beboere.

​

Alle større vedligeholdelses- og restaureringsopgaver varetages af udvalgte håndværksfirmaer, som har særlig ekspertise i arbejdet med fredede bygninger. 

Større opgaver udføres under medvirken af klosterets restaureringsarkitekt. 

​

Den Skeel-Juel-Brahe'ske Stiftelse er under tilsyn af Civilstyrelsen.

​

For så vidt angår de fredede bygninger mv. er klosteret under tilsyn af Kulturministeriets Slots- og Kulturstyrelse.

​

Klosteret er medlem af  Foreningen af forstandere for de historiske stiftelser i Danmark”, (Klosterforstanderforeningen), som er en sammenslutning af 14 danske klostre med forskellig baggrund.

Roskilde Klosters klosterforvalter var formand for foreningen i perioden  2016 - 2021.

Se nærmere  om foreningen og de tilsluttede klostre.