​Roskilde Kloster kan føre sin historie helt tilbage til begyndelsen af 1200-tallet, hvor der på grunden blev opført et stort Dominikanerkloster. Op til Reformationen i 1536 fungerede dette såkaldte Sortebrødrekloster som et religiøst centrum, men munkene ydede også forsorg og medicinsk hjælp til især den fattige del af Roskildes befolkning.

Dominikanerordenen blev godkendt af paven i 1216 og allerede i 1222 blev det første dominikanerkloster i Norden grundlagt i Lund. I Roskilde begyndte Sortebrødrene byggeriet af Sankte Catharinae Kloster i 1231, så der er tale om en meget hurtig udbredelse af ordenen.
Sortebrødrene prædikerede på dansk og var en missionerende tiggermunkeorden, som principielt ikke måtte eje noget. Munkene fik dog gennem årene gaver fra folk, der søgte at sikre sig evig frelse og salighed. Sortebrødreklosteret var blot et af fem klostre i Roskilde på denne tid.

​

Efter Reformationen beordrede Kong Christian d. 3 samtlige katolske klostre lukket, og Sortebrødreklosteret i Roskilde blev nedrevet. I 1565 købte herremanden Mogens Godske grunden, og byggede en mindre herregård med udstrakte jordtilliggender langs Roskilde Fjord. Til byggeriet af sin nye gård brugte han de munkesten og tømmer fra det gamle kloster, som lå på grunden. Roskilde Klosters nuværende hovedbygning er således opført af "genbrugssten" fra 1200-tallet.

I 1699 fik to adelsenker kongens tilladelse til at købe stedet for at stifte et frøkenkloster. Formålet var at skabe et hjem med ordentlige rammer for unge adelsfrøkener, der ikke var blevet gift i en passende ung alder. Roskilde adelige Jomfrukloster blev således det første egentlige protestantiske frøkenkloster i Danmark.

Klosterets historie trækker også linier til Danmarkshistorien. Stifterinderne Margrethe Ulfeldt og Berte Skeel var nemlig enker efter to af tidens mest betydende mænd og krigshelte, generaladmiralløjtnant Niels Juel - Danmarks store søhelt - og generalløjtnant Niels Rosenkrantz. ​
 

Af økonomiske grunde blev Roskilde adelige Jomfrukloster i 1974 sammenlagt med Odense adelige Jomfrukloster, stiftet af Karen Brahe i 1716. Efter en ændring af vedtægterne i 1974 er Roskilde Kloster nu en selvejende,almenvelgørende stiftelse. Klosteret modtager ikke driftsstøtte fra det offentlige og Klosterkirken er en privat kirke uden støtte fra kirkelige myndigheder. Klosteret kan besøges på rundvisninger og kirken er offentligt tilgængelig ved de månedlige gudstjenester. ​
 

Hovedbygningen fra 1565 er opført i sengotisk stil med trappegavle og højblændinger. Det er den ældste bygning i Roskilde, som stadig anvendes til beboelse. I 1907 blev der tilføjet en ny beboelsesfløj i samme byggestil som hovedbygningen. Klosteret fremstår derfor i dag som et helstøbt muromkranset bygningskompleks, der er fredet i sin helhed.

​

Klosterets inventar og malerisamling kommer fra de to sammenlagte adelige jomfruklostre. Det rummer bl.a. 150 malerier med gode eksempler på 1500-, 1600- og 1700-tallenes malerkunst i Danmark. Kassetteloftet i klosterets enestående riddersal har 60 malerier fra begyndelsen af 1700-tallet med bibelske motiver, og væggene er beklædt med fornemt gyldenlæder. Et særligt klenodie fra Det adelige Jomfrukloster i Odense er Nakkebølletæppet. Det er et rigt broderet vægtæppe fra herregården Nakkebølle på Fyn fra 1589. Til det smukke kunsthåndværk knytter der sig en grum historie, som kan høres på rundvisningerne. I Klosterkirken findes en smukt udskåret altertavle og prædikestol i sen bruskbarokstil fra kirkens oprettelse i 1701 samt kansler Johan Friis' lille krucifiks udskåret i elfenben fra 1546. I 1998 blev det specielle ”Mathisson-Hansen orgel” fra 1850 opstillet i kirken.

Fra Odense adelige Jomfrukloster stammer også det enestående Karen Brahes Bibliotek. 

​